Malgré plusieurs passages en prison et bien qu’il ait fait, en 2017, l’objet de menaces de mort de la part des Imbonerakure (la ligue des jeunes du parti au pouvoir), il continue à participer à la vie politique de son pays.
L’esprit de l’accord d’Arusha, signé en 2000 et qui a débouché sur une réconciliation nationale, a selon lui disparu. « Notre pays se désagrège et la critique n’est plus possible », regrette-t-il.
Ndayizeye s’était également impliqué dans les discussions interburundaises engagées à Arusha après la crise postélectorale de 2015, en tant que conseiller de Benjamin Mkapa, le facilitateur tanzanien. Ces pourparlers sont au point mort, le gouvernement refusant d’y associer l’opposition en exil. L’élection présidentielle aura lieu en mai prochain, mais les tentatives de dialogue direct n’ont toujours pas abouti.