Sur son CV, deux coups d'État au Burundi et une longue liste de fonctions honorifiques.

En 1987, dans un contexte de tensions ethniques exacerbées entre Hutus marginalisés et Tutsis au pouvoir, le major Pierre Buyoya renverse d’abord le président Jean-Baptiste Bagaza. Malgré les massacres d’août 1988, le nouveau chef de l’État contribue largement à œuvrer pour la réconciliation nationale.

En 1993, il organise la première élection présidentielle au suffrage universel de l’histoire du pays, qui porte au pouvoir un Hutu, Melchior Ndadaye. Mais ce dernier est assassiné quelques mois plus tard ; son successeur aussi, l’année suivante. En 1996, en pleine guerre civile, Pierre Buyoya reprend le pouvoir, détrônant Sylvestre Ntibantunganya. Après ce second putsch, il conduit le Burundi vers une improbable réconciliation, nommant le Hutu Domitien Ndayizeye au poste de vice-président.

Artisan des accords d’Arusha, qui scellent la fin de la guerre civile en 2000, le putschiste passe définitivement la main en 2003 et acquiert un statut d’observateur électoral ou de médiateur au service de plusieurs organisations internationales (UA, OIF, Ceeac). Il est actuellement le haut représentant de l’Union africaine pour le Mali et le Sahel.